A Diretoria Administrativa, ligada diretamente a Presidência da Fundação de Assistência Social, tem como finalidade programar, administrar e coordenar as atividades dos seus diversos setores.
A Diretoria de Recursos Humanos e Gestão do Trabalho administra e gerencia assuntos ligados aos interesses e deveres dos servidores, fazendo cumprir a legislação vigente, em conjunto com a Gerência de Administração de Pessoal, que administra a vida funcional dos servidores e demais processos. A gestão do Trabalho oferece acompanhamento ao funcionário por meio da psicologia. Em 2016, foi criado o Núcleo de Educação Permanente em Assistência Social (NEPAS), com o objetivo de promover a capacitação permanente dos servidores.
A Diretoria de Gestão Financeira e Orçamentária é responsável pelo controle orçamentário, contábil, de custos, patrimônio, administração de recursos financeiros, prestação de contas e convênios da FAS. Dentro desta diretoria existe a Gerência de Contabilidade, Custos e Orçamento responsável pelo controle orçamentário, de custos e contábil da Fundação. O setor de Tesouraria responsável pelo pagamento, recebimento e administração de recursos públicos estaduais, federais e municipais e também a Gerência Prestação de Contas, responsável prestação de contas das parcerias.
A Diretoria de Suprimentos coordena a Gerência de Licitações, que realiza a elaboração e o acompanhamento de todo trâmite legal para a celebração de processos licitatórios e contratos, e também a Gerência de Almoxarifado, que atende as necessidades e o abastecimento de materiais das Casas de Acolhimento Institucional, e demais setores/programas abrangidos pela FAS;
A Diretoria de Serviços Operacionais e Administrativos coordena o Setor de Transportes, responsável pelo controle da frota e organização da agenda dos veículos. É responsável pelo setor de Patrimônio, que faz o controle, administração e movimentação dos bens móveis e imóveis da Fundação, bem como, pela administração do sistema de controle patrimonial. Coordena a manutenção, por meio de agendamento prévio, o setor de Informática e também os serviços gerais. Também é responsabilidade desta diretoria a Recepção, que atende o público em geral, orientando e encaminhando ao setor solicitado, enquanto a Telefonia recebe e efetua ligações, prestando ainda, serviços de protocolo, xerox e fax;
Assim, a Diretoria Administrativa planeja, avalia e acompanha todas as ações das unidades vinculadas, bem como coordena todos os trabalhos administrativos da FAS.